Świątynia zachowała wprawdzie swój gotycki kształt architektoniczny, ale na jej zachowane wyposażenie złożyły się dzieła pochodzące z różnych epok. Jej najstarszą część stanowi prezbiterium oddzielone od nawy głównej łukiem tęczowym. Ozdabia go wielki fresk (42 m2) przedstawiający scenę Sadu Ostatecznego (XV w.) Pośrodku na tęczowym tronie zasiada Chrystus, mając u stóp archanioła Michała, zaś po prawicy Maryję wraz z św. Barbarą i św. Katarzyną z lewej zaś św. Jana Chrzciciela oraz św. św. Piotra i Pawła. W dolnej strefie malowidła ukazano powstających na sąd z grobów, zbawionych wkraczających w bramy raju oraz potępionych, na których oczekuje władca piekła. Sugestywna ta scena – typowa Biblia pauperum, przemawia do człowieka swym zdecydowanym dydaktyzmem. To średniowieczne malowidło, odkryte dopiero po II wojnie światowej, stanowi jeden z nielicznych na tym terenie przykładów zachowanych polichromii. W 1930 roku odkryto też w Farze unikalną i bezcenną drewnianą rzeźbę Chrystusa Starogardzkiego, datowaną na ok. 1320 rok, obecnie eksponowaną jako perła sztuki snycerskiej w Muzeum Diecezjalnym w Pelplinie. Jej współczesna replika zdobi szczyt południowej kruchty kościoła.
Zasadniczo obecne wyposażenie kościoła pochodzi głównie z późniejszego okresu i reprezentuje sztukę baroku i rokoka. Jednakże zachowały się nieliczne dzieła snycerki gotyckiej: drewniana figura św. Jakuba Ap. (ok. 1480-1490) w ołtarzu bocznym, dwie późnośredniowieczne ( pocz. XVI w.) drewniane figury biskupów w nawie północnej, przedstawiające prawdopodobnie św. Wojciecha i św. Wolfganga, także przykłady rzeźby kamiennej, jak chociażby płyta nagrobna Fabiana Legendorfa (+1483) i nagrobek Jerzego Niemojewskiego z Lubieńca (+1615), starosty starogardzkiego – z leżącą postacią zmarłego i łacińskim epitafium sławiącym jego zasługi – nie licząc dwóch granitowych kropielnic (XV/XVI w.) oraz kilku piaskowcowych płyt nagrobnych (XV-XVIII), niegdyś przykrywających krypty grobowe pod posadzką kościoła (dwie z nich obecnie w domu przedpogrzebowym).
Całą przestrzeń wschodniej ściany prezbiterium wypełnia monumentalny, późnobarokowy ołtarz główny (1 poł. XVIII w.), wykonany w drewnie, polichromowany i obficie złocony, Kforego architektoniczną nastawę z dwukondygnacyjnym rozplanowaniem wypełnia pośrodku obraz (ok. 1740 r.) przedstawiający Chrzest Jezusa w Jordanie – zaś ponad nim umieszczona w niszy drewniana, złocona figura Madonny z Dzieciątkiem (XVI w.), przykrywa ją współczesny (1929 r.) parawanowy obraz olejny pędzla Leona Drapiewskiego ukazujący św. Mateusza, patrona kościoła. Ponad bramkami bocznymi, ujęte kolumnami, widnieją dwa wczesnobarokowe obrazy w rzeźbionym owalu: Zwiastowanie oraz Adoracja Dzieciątka, replika Pokłonu pasterzy z predelli pelplińskiego ołtarza mariackiego pędzla Hermama Hana. Bogata snycerka ołtarza uderza wyrafinowanymi elementami dekoracji wiciami roślinnymi i girlandami, a także statuami aniołów, świętych i biblijnych proroków. Krucyfiks ołtarzowy (1 poł. XVIII w.) oraz górujący nad Stołem Ofiarnym dawny krzyż procesyjny (XVIII w.) stanowią dopełnienie wystroju tej strefy liturgii, którą gruntownie przebudowano w 1994 roku. Z dawnego wystroju łuku tęczowego prezbiterium pochodzi wysmukła rzeźba Ukrzyżowanego Chrystusa (XVIII w.) umieszczona nad gotyckim portalem zakrystii.
Obie kaplice boczne o niewielkiej powierzchni posiadają skromny wystrój. Odbudowana całkowicie w 1945 roku po zniszczeniach wojennych kaplica Przemienienia Pańskiego otrzymała współczesny ołtarz naśladujący stylem wystrój kościoła. Mieści on obraz ukazujący Przemienienie Pana Jezusa oraz malowidło przedstawiające św. Andrzeja Bobolę. W podziemnej krypcie grobowej pod tą kaplicą spoczywa śp. ks. kanonik Mateusz Kołaczkowski (+1863), proboszcz starogardzkiej parafii. Północną kaplicę św. Barbary zdobi jednokondygnacyjny ołtarz w stylu rokoka, obficie złocony i dekorowany kolumnami i figurami aniołów, z obrazem św. Barbary pośrodku masywnej predelli, a także ukazaniem św. Kryspina i Kryspiniana w zwieńczeniu nastawy.
W nawach bocznych kościoła – nakrytych gotyckim sklepieniem krzyżowym wspartym na ozdobnych służkach – uwagę zwraca rokokowy ołtarz NMP – ufundowany przez kasztelana chełmińskiego Józefa Grąbczewskiego w połowie XVIII w. Drewnianą nastawę typu architektonicznego wypełnia pośrodku współczesny wizerunek Matki Boskiej Łaskawej z parą adorujących postaci: św. Floriana i św. Rocha. Rzadziej eksponowany w tym miejscu parawanowy obraz Matki Boskiej Różańcowej wyszedł spod pędzla T. Rednera. Pochodzący z 1931 roku obraz św. Rocha (autorstwa J. Fałkowskiego) z tego ołtarza przeniesiony został do kaplicy Przemienienia Pańskiego. W nawie północnej ustawiono przyścienny ołtarz św. Franciszka, którego centralną część ozdabia malowidło Stygmatyzacja św. Franciszka, parawanowy obraz pędzla T. Rednera z 1883 roku, a wieńczy przedwojenny obraz Serca Pana Jezusa, umieszczony pomiędzy gotyckimi figurami dwóch biskupów. Wspomniany malarz wykonał do tego ołtarza również stały obraz przedstawiający św. Józefa z Dzieciątkiem. Jego dziełem są też obrazy Drogi Krzyżowej, ufundowane dla kościoła przez ks. proboszcza Jana Błocka w 1883 r.
Przy filarach w obu nawach mieszczą się mniejsze ołtarze boczne. Najokazalszy z nich to ołtarz Krzyża św. (2 poł. XVIII w.) z rzeźbiarską sceną opłakiwania ukrzyżowanego Jezusa przez Maryję i św. Jana. Efektowną draperię monumentalnego baldachimu, pod którym widnieją ich figury, wieńczy promienista gloria z monogramem maryjnym. Parą dla tego ołtarza jest ustawiony przy kolejnym filarze ołtarz św. Jana Nepomucena (3 ćwierć XVIII w.), z centralnym obrazem tego świętego, pędzla T. Rednera z 1887 roku, oraz górnym obrazem św. Ignacego Loyoli (XVIII w.). Na żywy w parafii starogardzkiej od wieków kult św. Jana Nepomucena wskazuje umieszczona w kruchcie zachodniej drewniana figura świętego – dzieło ludowego twórcy z terenu Kociewia.
Analogicznie od strony południowej na filarach międzynawowych wspierają się kolejne ołtarze: stylowo niejednolity, zestawiony z różnych fragmentów niezachowanych nastaw, jednokondygnacyjny ołtarz św. Walentego, z obrazem ukazującym św. Walentego, przemalowanym w XVIII w. , a zwieńczony malowidłem św. Mikołaja w okazałej rzeźbiarskiej oprawie. Kolejny filar daje oparcie dla ołtarza św. Jakuba (3 ćwierć XVIII w.) z cenną gotycką figurą świętego, która reprezentowała pomorską sztukę sakralną na pamiętnej wystawie Aurea Porta Rzeczypospolitej dla uczczenia 1000-lecia Gdańska (1997 r.). Nastawę ołtarza zdobi scena rzeźbiarska z Archaniołem Michałem pokonującym szatana.
Rokokowa ambona u zbiegu prezbiterium i korpusu nawowego, o efektownym wystroju, została ufundowana przed 1780 rokiem przez Józefa Grąbczewskiego. Dekoruje ją zwłaszcza wysmukły baldachim z ażurowym prześwitem, zwieńczony postacią siedzącego aniołka pośród obłoków.
Cztery konfesjonały datowane na poł. XVIII w. mają podobną formę i rokokowy wystrój, jednak dwa z nich wyróżnia osobliwa snycerka drzwiczek, ukazująca symbolikę sakramentu pokuty: kruszenie serca grzesznika oraz odpuszczenia win.
Cennym zabytkiem jest feretron z 1752 roku, zawierający w awersie scenę Koronacji NMP, w rewersie Przemienienie Pańskie – oba malowidła pokryte srebrzoną blachą mosiężną trybowaną i grawerowaną.
Z zachowanych dzieł dawnej sztuki sakralnej warto wymienić nieeksponowane obrazy: tzw, epitafium kupca Jana Stypusa (1608 r.) ze sceną Gniewu Bożego, ołtarzowy obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem (XVII w.), dawniej przykryty srebrną sukienką paramenty liturgiczne (monstrancja, kielich mszalny, drewniany i pokryty mosiężną blachą krzyż procesyjny (1754 r.).
Współczesnym dziełem rzeźbiarskim jest chrzcielnica, wykonana w 1952 r. w sztucznym piaskowcu według projektu I. Zelka z Torunia.
W południowej kruchcie umieszczono granitowe epitafium ku czci starogardzian, ofiar II wojny światowej, na którym wypisano nazwiska ok. 200 parafian. Natomiast w kruchcie zachodniej widnieje tablica pamiątkowa ku czci Sługi Bożego ks. prałata Antoniego Henryka Szumana (1882-1939).